O Núcleo de Ensino Personalizado (NEP) é um setor que promove ações para apoiar a comunidade acadêmica, estudantes e professores da Dom Helder na busca pela excelência e na superação de eventuais dificuldades nos processos de ensino-aprendizagem. A referência pedagógica do NEP é a Pedagogia Inaciana, que propõe a personalização das atividades, definidas pela condição específica de cada pessoa

A Pedagogia, inspirada originalmente na metodologia dos Exercícios Espirituais de Santo Inácio de Loyola, é um sistema de diretrizes educacionais, desenvolvido pelas instituições jesuítas e fundamentado em uma prática de mais de quinhentos anos de história e tradição. Na Dom Helder, o ensino é personalizado e a Pedagogia Inaciana (PI) é proposta como a estratégia para alcançar a excelência acadêmica e o máximo resultado.

Dessa forma, no NEP, professores, psicólogos, educadores e demais colaboradores levam a sério a condição do estudante, a fim de valorizar seus esforços, entender suas necessidades e potencializar ao máximo suas capacidades. Entre as atividades promovidas pelo setor estão a Proficiência Acadêmica, o Acompanhamento Psicopedagógico, os Estudos Orientados, a Recepção de Calouros, a Monitoria e os Encontros Acadêmicos.